Un modèle informatique de sélection de probiotiques vaginaux

An in silico framework for the rational design of vaginal probiotic therapy.

Lee CY, Bonakdar S, Arnold KB. PLoS Comput Biol. 2025 Feb 14;21(2):e1012064. doi:10.1371/journal.pcbi.1012064. PMID: 39951429; PMCID: PMC11867318.

Résumé

L’étude vise à développer un cadre « in silico » permettant de définir des critères de sélection de souches de probiotiques potentiellement efficace au niveau vaginal.

L’une des observations de cette étude est qu’une même souche probiotique peut induire des résultats variables selon les patients principalement en fonction de la composition du microbiote et du type de bactéries associées à la vaginose (BAV). Autre enseignement, les probiotiques peuvent interagir avec les Lactobacillus résidents avec un impact sur l’efficacité du traitement.

Enfin, les simulations informatiques ont démontré l’intérêt de l’association probiotiques + antibiotiques sur les récidives de vaginose bactérienne à long terme (cf schéma ci-dessous)

Pr = probiotiques seuls ; Pr + ATBx = probiotiques + antibiotiques ; ABx : antibiotiques seuls

Jaune : bactéries non optimales dominantes ;  gris L. iners dominant ; bleu : Lactobacilles résidents dominants ; violet probiotiques dominant

Commentaire

Cette étude souligne la complexité de la sélection de souches de probiotiques à visée vaginale.

Ces « candidats »probiotiques devraient être sélectionnés d’une part en fonction de la composition du microbiote vaginal altéré (non dominé par des lactobacilles) mais aussi en fonction des Lactobacillus résidents.

Elle met également en évidence, l’impact des BAV à la fois sur les lactobacilles résidents mais aussi sur les probiotiques. Le choix du probiotique devra donc tenir compte de sa vulnérabilité vis-à-vis des BAV.

En cas d’association probiotiques  + antibiothérapie, cette dernière va diminuer le taux de BAV et augmenter le taux de lactobacilles résidents. Dans ce cas, un des critères d’efficacité du probiotique est de ne pas interférer de manière négative avec les lactobacilles résidents.

Les auteurs concluent que l’utilisation de modèles in silico dans la « confection » de probiotiques permettrait d’optimiser leur efficacité. Il n’en demeure pas moins que la création « à la carte » de probiotiques paraît difficilement applicable en routine.

En revanche, cette étude confirme que le choix de souches de lactobacilles « endogènes » comme L. crispatus, gasseri  ou jensenii serait préférable à l’introduction des souches moins souvent présentes dans le microbiote vaginal et, a fortiori, de souches n’ayant pas les propriétés des lactobacllles résidents du vagin.